Os Laboratórios Temáticos do UFFDEFESA são unidades que agregam Grupos de Pesquisa e/ou pesquisadores avulsos dedicados a atividades de ensino, pesquisa e extensão sobre assuntos específicos relacionados a estudos estratégicos da defesa e da segurança.
Normalmente os Laboratórios criam Programas de Pesquisa com o propósito de organizar e direcionar os esforços de pesquisa de seus membros para responder a questões relacionadas a Áreas de Concentração e Linhas Temáticas de Pesquisa que possuem algum tipo de coerência e unidade.
Os laboratórios do UFFDEFESA em atividade são os seguintes: